Az állami hatóságok egy korább kitervelt forgatókönyv szerint tőrbe csalva letartóztatták Márton Áront (vele szinte egyidőben, június 26-án fogták el Anton Durcovici görög-katolikus püspököt is). Koncepciós perét csupán 1951 július végén rendezték meg, ítéletet ugyanazon év augusztus 6-án hirdettek az elítélt jelenléte nélkül: összeesküvés és hazaárulás vétsége miatt tíz év börtönre és életfogytiglani kényszermunkára, politikai jogoktól való megfosztásra ítélték. Megjárva Románia hírhedt börtöneit, 1955 elején szabadult. Az 1956-57-ben tartott, számottevő tömegeket megmozgató bérmakörútja miatt 1957-től háziőrizetbe helyezték, nem hagyhatta el a gyulafehérvári püspöki palota és székesegyház területét. A hatvanas évek közepétől a házi őrizetére vonatkozó szabályozásokat fokozatosan lazították, ezt követően négyszer is kiutazhatott Rómába, illetve sikerült megoldania az utódlás kérdését. Bár élete utolsó éveiben visszavonultan élt és betegségére, előrehaladott korára hivatkozva többször is kérelmezte lemondásának engedélyezését a Szentszéktől, ez végül csak 1980-ban, halálának évében érkezett meg. A romániai kommunizmus történetének egyik legkiemelkedőbb ellenálló személyiségeként tartja számon az utókor, kinek tevékenységét folyamatosan nyomon követte az államvédelem. Megfigyelési dossziéi közel nyolcvanezer oldalt tesznek ki, melyek feldolgozása és közzététele folyamatban van.